מגדל הקירור פועל עם מערכת מים סגורה, מצב אידאלי להתרבות חיידקים, כמו כן עקב אופן פעולתו יוצר סביבו המגדל "אירוסול", רסיסים קטנים של מים שניתזים לכל עבר, דרך רסיסים אלו מועברים חיידקים שנכנסים אל מערכת הנשימה כגון "ליגיונלה" (הקש על הערך להסבר).

הטיפול כולל ניקוי יסודי מבוץ ומשקעים שטיפה יסודית וחיטוי מי המגדל.